一天，亮太和彩在玩耍的地方发现一个纸盒子，上面写着“请收养我”，里面装着一只可爱的小狗。两人把小狗带回家，给它取名为玛丽，于是，这只小狗成为了他们家的新成员。

　　玛丽渐渐长大，到了2004年，它已经成为三只小狗的妈妈了。亮太和彩常常带着它们在山野间快乐地奔跑。可是，幸福的时光转瞬即逝。

　　2004年10月23日下午5点56分，新潟县中越地区发生大地震。一瞬间，山崩地裂，房屋倒塌……爸爸优一因为上班还没回山古志村，亮太也在学校上课。地震过后，因为日本的学校都是按照地震避难所来建造的，所以村子里的人都相继逃到了学校来了。可是等了半天，亮太都没有看到爷爷和妹妹的身影。原来，他们被压在倒塌的房子下面了。

　　黑暗中，爷爷仿佛听到一些动静，是玛丽寻了过来。它把三只小狗安顿好，就跑到瓦砾里来，试图把爷爷和彩拖出来。可是，一只狗如何能拖动两个人呢？！就在玛丽努力着的同时，自卫队的救援工作也正在展开。

　　2004年10月23日、下午5点56分。

　　以日本新潟县中越地区为震源，发生了6.8级大地震。该地区的山古志村与外界联系的道路全部震断，成为一个封闭的“小岛”。就在人们为痛失家园而心伤的时候，听到了这样一则感人的轶事。地震发生当天，一头母犬“玛丽”生下了3头小狗。地震发生后，人们纷纷避难去了，这只母犬独自在废墟中守护着自己的孩子，16天后终于把孩子们带到了安全的避难所。玛丽这种顽强的生存斗志，给予受灾者们极大的鼓励和勇气，大家都积极投入到重建家园当中。

　　这部《玛丽和它的小狗们的故事》正是以实际存在的那只“玛丽”为原型拍摄而成的。片中饰演“玛丽”的“特形演员”的是一只叫作“小一”的母柴犬。“父亲”的扮演者船越英一郎对“小一”的演技赞不绝口：“它（小一）是天才！演技非常好，今年的最佳女主角应该颁给它。”通常，电影中如果有动物参与演出，都要准备2、3只相同种类的交替拍摄，可是这部片中，“小一”却是从头到尾没有替身的演下来，果然是一只演技非凡的狗！想必“小一”一定能成为本片的最大亮点。