纽约市的夜晚出现了一个神秘的“夜行侠”，他成了纽约市民讨论的话题，忍者龟们也不例外，但拉斐尔却总是来去匆匆，也鲜少加入“夜行侠”的讨论，而他总坚持“夜行侠”是正义的使者。

　　另一方面，纽约富豪麦克斯温特斯正积极收集古文明的石雕像，而替他搜寻古物的人便是忍者龟的好伙伴─爱波欧尼尔。后来富豪麦克斯温特斯不止雇用 了爱波为他搜寻古物，也找了一群忍者为他在城市中执行神秘的搜寻行动，他要忍者们探寻城市中一切的奇异事件，忍者们的美丽女队长─卡拉，试图要询问温特斯是何种奇异事件？温特斯却没有给答案。后来温特斯找回了传说中四个战士将军的石雕像，并借着科技与魔法，让他们由石雕像中释放重生。在忍者女队长卡拉对此感到疑惑的同时，温特斯也宣告除了4位将军，还会有另外13只怪物的出现，并且要卡拉带领底下的忍者们和四位将领合作抓回这些怪物。

　　当城市的奇异事件接连发生的同时，忍者龟们也面临一场家庭风暴。当李奥纳多获得老鼠师父的认可并授与一个古老奖章，继续更高深的训练，其它忍者龟们却都无心于训练。李奥纳多一直想激起大家的斗志，拉斐尔却对此感到不满，他认为李奥纳多总是想当老大，处处插手兄弟们的生活。

　　有一晚爱波的男友─卡西外出透气，却意外碰上了神秘的“夜行侠”，揭露了忍者龟拉斐尔就是“夜行侠”的秘密，他们更同时目击了石头将军的出现，这些石头将军就是爱波为温特斯搜集的古文物！因此大家纷纷查觉温特斯收集文物只是个借口，其实背后还有更大的阴谋。而石雕将领在当晚的执行任务中，把忍者龟李奥纳多视为怪物，将他逮捕回温特斯的牢房。不能实时拯救兄弟的拉斐尔感到非常自责，决心放弃“夜行侠”的身份，重回忍者龟的团队。同时，其它人也发现当晚就是传说中特定星象排列将要发生的时刻，而地点就在纽约的温特斯大厦。于是大家团结一致，决定展开拯救李奥纳多的行动。温特斯此时正在大厦里等待神圣的时刻来临，就在星象就定位的同时，地下的秘密牢房瞬时陷入地底，发出强光，构成了传说中通往异次元世界的通道。但本该一起发光的十三个牢房却出了差错，温斯特和将领们这时才发现抓错了对象，他们抓到了忍者龟李奥纳多，却遗漏了最后一个怪物！大家在此时闯入牢房，拉斐尔救出了李奥纳多，爱波也对温斯特宣告他们发现了他想重建三千年前叶图帝国的阴谋。爱波和忍者龟们有办法抓第十三只怪物并且阻止这一切恶势力继续扩张吗？